Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Genomic Data Science
Command Line Tools for Genomic Data Science
oferecido por
Informações sobre o curso
4.2
228 classificações
Habilidades que você terá
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
Programa - O que você aprenderá com este curso
Semana
1Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
12 vídeos (total de (Total 105 mín.) min), 5 leituras, 2 testes
12 videos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7min
Basic Unix Commands 3: File Naming4min
Basic Unix Commands 4: Content Creation9min
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6min
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4min
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6min
Basic Unix Commands 8: Querying Content15min
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11min
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13min
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13min
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9min
5 leituras
Welcome Message10min
Syllabus10min
VMBox Download & Instructions10min
Pre-Course Survey10min
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
2 exercícios práticos
Module 1 Quiz20min
Module 1 Exam34min
Semana
2Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
11 vídeos (total de (Total 127 mín.) min), 1 leitura, 2 testes
11 videos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11min
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14min
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13min
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9min
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12min
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5min
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11min
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9min
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15min
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15min
1 leituras
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
2 exercícios práticos
Module 2 Quiz20min
Module 2 Exam40min
Semana
3Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
8 vídeos (total de (Total 55 mín.) min), 1 leitura, 2 testes
8 videos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5min
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11min
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9min
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4min
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6min
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8min
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5min
1 leituras
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
2 exercícios práticos
Module 3 Quiz20min
Module 3 Exam48min
Semana
4Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
8 vídeos (total de (Total 75 mín.) min), 2 leituras, 2 testes
8 videos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7min
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9min
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8min
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10min
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16min
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8min
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6min
2 leituras
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
Post-Course Survey10min
2 exercícios práticos
Module 4 Quiz20min
Module 4 Exam10min
33%
comecei uma nova carreira após concluir estes cursos
25%
consegui um benefício significativo de carreira com este curso
Melhores avaliações
por JJ•Jun 23rd 2018
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
por GV•Mar 14th 2016
Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.
Instrutores
Liliana Florea, PhD
Assistant ProfessorMcKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine
Sobre Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Sobre o Programa de cursos integrados Genomic Data Science
This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Qual é a política de reembolso?
Existe algum auxílio financeiro disponível?
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
O Coursera proporciona acesso universal à melhor educação do mundo fazendo parcerias com as melhores universidades e organizações para oferecer cursos on-line.
© 2018 Coursera Inc. Todos os direitos reservados.
