Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica
oferecido por
Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise GenômicaUniversidade Johns HopkinsInformações sobre o curso
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Resultados de carreira do aprendiz
50%
comecei uma nova carreira após concluir estes cursos
43%
consegui um benefício significativo de carreira com este curso
20%
recebi um aumento ou promoção
Certificados compartilháveis
Tenha o certificado após a conclusão
100% on-line
Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.
Prazos flexíveis
Redefinir os prazos de acordo com sua programação.
Aprox. 12 horas para completar
Inglês
Legendas: Árabe, Francês, Português (Brasil), Italiano, Vietnamita, Coreano, Alemão, Russo, Turco, Inglês, Espanhol, Chinês
Habilidades que você terá
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
Resultados de carreira do aprendiz
50%
comecei uma nova carreira após concluir estes cursos
43%
consegui um benefício significativo de carreira com este curso
20%
recebi um aumento ou promoção
Certificados compartilháveis
Tenha o certificado após a conclusão
100% on-line
Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.
Prazos flexíveis
Redefinir os prazos de acordo com sua programação.
Aprox. 12 horas para completar
Inglês
Legendas: Árabe, Francês, Português (Brasil), Italiano, Vietnamita, Coreano, Alemão, Russo, Turco, Inglês, Espanhol, Chinês
oferecido por
Universidade Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programa - O que você aprenderá com este curso
4 horas para concluir
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
4 horas para concluir
12 vídeos (Total 105 mín.), 5 leituras, 2 testes
12 videos
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7min
Basic Unix Commands 3: File Naming4min
Basic Unix Commands 4: Content Creation9min
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6min
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4min
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6min
Basic Unix Commands 8: Querying Content15min
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11min
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13min
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13min
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9min
5 leituras
Welcome Message10min
Syllabus10min
VMBox Download & Instructions10min
Pre-Course Survey10min
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
2 exercícios práticos
Module 1 Quiz30min
Module 1 Exam30min
3 horas para concluir
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
3 horas para concluir
11 vídeos (Total 127 mín.), 1 leitura, 2 testes
11 videos
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11min
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14min
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13min
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9min
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12min
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5min
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11min
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9min
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15min
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15min
1 leituras
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
2 exercícios práticos
Module 2 Quiz30min
Module 2 Exam30min
2 horas para concluir
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
2 horas para concluir
8 vídeos (Total 55 mín.), 1 leitura, 2 testes
8 videos
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5min
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11min
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9min
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4min
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6min
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8min
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5min
1 leituras
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
2 exercícios práticos
Module 3 Quiz30min
Module 3 Exam30min
3 horas para concluir
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
3 horas para concluir
8 vídeos (Total 75 mín.), 2 leituras, 2 testes
8 videos
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7min
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9min
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8min
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10min
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16min
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8min
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6min
2 leituras
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10min
Post-Course Survey10min
2 exercícios práticos
Module 4 Quiz30min
Module 4 Exam30min
Avaliações
Principais avaliações do FERRAMENTAS DE LINHA DE LOMANDO PARA ANÁLISE DE DADOS GENÔMICOS
por CW5 de Ago de 2020
There were some typos and confusion about the need not to follow the example code for Exam 4. However, I thought that the course was good and useful overall.\n\nThank You!
por SC17 de Out de 2016
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
por LS23 de Abr de 2020
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
por AD26 de Ago de 2018
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
Sobre Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Is financial aid available?
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
