Informações sobre o curso
4.0
159 classificações
34 avaliações

100% online

Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.

Prazos flexíveis

Redefinir os prazos de acordo com sua programação.

Aprox. 16 horas para completar

Sugerido: 6 hours/week...

Inglês

Legendas: Inglês

Habilidades que você terá

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming

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Prazos flexíveis

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Aprox. 16 horas para completar

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Programa - O que você aprenderá com este curso

Semana
1
3 horas para concluir

Week One

The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses....
16 vídeos (total de (Total 126 mín.) min), 3 leituras, 1 teste
16 videos
Installing R on A Mac 2min
Installing R Studio on a Mac 1min
What is Bioconductor7min
Installing Bioconductor3min
The Bioconductor Website9min
Useful Online Resources5min
R Base Types18min
GRanges - Overview4min
IRanges - Basic Usage12min
GenomicRanges - GRanges8min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8min
GenomicRanges - seqinfo6min
AnnotationHub8min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213min
3 leituras
Welcome10min
Syllabus10min
Pre Course Survey10min
1 exercício prático
Quiz 120min
Semana
2
2 horas para concluir

Week Two

In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads....
8 vídeos (total de (Total 81 mín.) min), 1 teste
8 videos
BSgenome6min
Biostrings - Matching6min
BSgenome - Views9min
GenomicRanges - Rle12min
GenomicRanges - Lists6min
GenomicFeatures18min
rtracklayer - Data Import14min
1 exercício prático
Quiz 220min
Semana
3
2 horas para concluir

Week Three

In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4....
9 vídeos (total de (Total 79 mín.) min), 1 teste
9 videos
Annotation Overview4min
ExpressionSet Overview4min
ExpressionSet9min
SummarizedExperiment7min
GEOquery6min
biomaRt13min
R S4 Classes16min
R S4 Methods10min
1 exercício prático
Quiz 320min
Semana
4
2 horas para concluir

Week Four

In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi...
7 vídeos (total de (Total 81 mín.) min), 1 leitura, 1 teste
7 videos
Short Read4min
Rsamtools12min
oligo14min
limma16min
minfi11min
Count-based RNA-seq analysis15min
1 leituras
Post Course Survey10min
1 exercício prático
Quiz 420min
4.0
34 avaliaçõesChevron Right

Melhores avaliações

por MAMar 12th 2016

Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.

por ABApr 12th 2018

Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.

Instrutores

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Kasper Daniel Hansen, PhD

Assistant Professor, Biostatistics and Genetic Medicine
Bloomberg School of Public Health

Sobre Universidade Johns Hopkins

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

Sobre o Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica

Perguntas Frequentes – FAQ

  • Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.

  • Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.

Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.