Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica
oferecido por
Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise GenômicaUniversidade Johns HopkinsInformações sobre o curso
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Certificados compartilháveis
Tenha o certificado após a conclusão
100% on-line
Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.
Prazos flexíveis
Redefinir os prazos de acordo com sua programação.
Aprox. 9 horas para completar
Inglês
Legendas: Francês, Portuguese (European), Russo, Inglês, Espanhol
Habilidades que você terá
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Certificados compartilháveis
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100% on-line
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Prazos flexíveis
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Aprox. 9 horas para completar
Inglês
Legendas: Francês, Portuguese (European), Russo, Inglês, Espanhol
oferecido por
Universidade Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programa - O que você aprenderá com este curso
3 horas para concluir
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
3 horas para concluir
16 vídeos (Total 126 mín.), 3 leituras, 1 teste
16 videos
Installing R on A Mac 2min
Installing R Studio on a Mac 1min
What is Bioconductor7min
Installing Bioconductor3min
The Bioconductor Website9min
Useful Online Resources5min
R Base Types18min
GRanges - Overview4min
IRanges - Basic Usage12min
GenomicRanges - GRanges8min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8min
GenomicRanges - seqinfo6min
AnnotationHub8min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213min
3 leituras
Welcome10min
Syllabus10min
Pre Course Survey10min
1 exercício prático
Quiz 130min
2 horas para concluir
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
2 horas para concluir
8 vídeos (Total 81 mín.)
8 videos
Biostrings7min
BSgenome6min
Biostrings - Matching6min
BSgenome - Views9min
GenomicRanges - Rle12min
GenomicRanges - Lists6min
GenomicFeatures18min
rtracklayer - Data Import14min
1 exercício prático
Quiz 230min
2 horas para concluir
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
2 horas para concluir
9 vídeos (Total 79 mín.)
9 videos
Basic Data Types4min
Annotation Overview4min
ExpressionSet Overview4min
ExpressionSet9min
SummarizedExperiment7min
GEOquery6min
biomaRt13min
R S4 Classes16min
R S4 Methods10min
1 exercício prático
Quiz 330min
2 horas para concluir
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
2 horas para concluir
7 vídeos (Total 81 mín.), 1 leitura, 1 teste
7 videos
Short Read4min
Rsamtools12min
oligo14min
limma16min
minfi11min
Count-based RNA-seq analysis15min
1 leituras
Post Course Survey10min
1 exercício prático
Quiz 430min
Avaliações
Principais avaliações do BIOCONDUTOR PARA CIÊNCIA DE DADOS GENÔMICOS
por JK30 de Ago de 2016
I think it is a good class overall but the pace is fast and the resources that can help you is lacking. This will be good for someone who already kind of understands bioconductor.
por GK27 de Ago de 2019
Before you can run, you must learn to walk. Kasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
por MA11 de Mar de 2016
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
por AB11 de Abr de 2018
Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.
Sobre Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Is financial aid available?
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
