Informações sobre o curso: An introduction to the statistics behind the most popular genomic data science projects. This is the sixth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
Desenvolvido por: Universidade Johns Hopkins
Ministrado por: Jeff Leek, PhD, Associate Professor, Biostatistics
Bloomberg School of Public Health
| Informações básicas | Curso 7 de 8 no Genomic Data Science Specialization |
| Idioma | English |
| Como ser aprovado | Seja aprovado em todas as tarefas para concluir o curso. |
| Classificação do usuário |
Programa
SEMANA 1
Module 1
This course is structured to hit the key conceptual ideas of normalization, exploratory analysis, linear modeling, testing, and multiple testing that arise over and over in genomic studies.
21 vídeos, 3 leituras
- Vídeo: Welcome to Statistics for Genomic Data Science
- 阅读: Syllabus
- 阅读: Pre Course Survey
- 阅读: Introduction and Materials
- Vídeo: What is Statistics?
- Vídeo: Finding Statistics You Can Trust (4:44)
- Vídeo: Getting Help (3:44)
- Vídeo: What is Data? (4:28)
- Vídeo: Representing Data (5:23)
- Vídeo: Module 1 Overview (1:07)
- Vídeo: Reproducible Research (3:42)
- Vídeo: Achieving Reproducible Research (5:02)
- Vídeo: R Markdown (6:26)
- Vídeo: The Three Tables in Genomics (2:10)
- Vídeo: The Three Tables in Genomics (in R) (3:46)
- Vídeo: Experimental Design: Variability, Replication, and Power (14:17)
- Vídeo: Experimental Design: Confounding and Randomization (9:26)
- Vídeo: Exploratory Analysis (9:21)
- Vídeo: Exploratory Analysis in R Part I (7:22)
- Vídeo: Exploratory Analysis in R Part II (10:07)
- Vídeo: Exploratory Analysis in R Part III (7:26)
- Vídeo: Data Transforms (7:31)
- Vídeo: Clustering (8:43)
- Vídeo: Clustering in R (9:09)
Nota atribuída: Module 1 Quiz
SEMANA 2
Module 2
This week we will cover preprocessing, linear modeling, and batch effects.
14 vídeos
- Vídeo: Module 2 Overview (1:12)
- Vídeo: Dimension Reduction (12:13)
- Vídeo: Dimension Reduction (in R) (8:48)
- Vídeo: Pre-processing and Normalization (11:26)
- Vídeo: Quantile Normalization (in R) (4:49)
- Vídeo: The Linear Model (6:50)
- Vídeo: Linear Models with Categorical Covariates (4:08)
- Vídeo: Adjusting for Covariates (4:16)
- Vídeo: Linear Regression in R (13:03)
- Vídeo: Many Regressions at Once (3:50)
- Vídeo: Many Regressions in R (7:21)
- Vídeo: Batch Effects and Confounders (7:11)
- Vídeo: Batch Effects in R: Part A (8:18)
- Vídeo: Batch Effects in R: Part B (3:50)
Nota atribuída: Module 2 Quiz
SEMANA 3
Module 3
This week we will cover modeling non-continuous outcomes (like binary or count data), hypothesis testing, and multiple hypothesis testing.
15 vídeos
- Vídeo: Module 3 Overview (1:07)
- Vídeo: Logistic Regression (7:03)
- Vídeo: Regression for Counts (5:02)
- Vídeo: GLMs in R (9:28)
- Vídeo: Inference (4:18)
- Vídeo: Null and Alternative Hypotheses (4:45)
- Vídeo: Calculating Statistics (5:11)
- Vídeo: Comparing Models (7:08)
- Vídeo: Calculating Statistics in R
- Vídeo: Permutation (3:26)
- Vídeo: Permutation in R (3:33)
- Vídeo: P-values (6:04)
- Vídeo: Multiple Testing (8:25)
- Vídeo: P-values and Multiple Testing in R: Part A (5:58)
- Vídeo: P-values and Multiple Testing in R: Part B (4:23)
Nota atribuída: Module 3 Quiz
SEMANA 4
Module 4
In this week we will cover a lot of the general pipelines people use to analyze specific data types like RNA-seq, GWAS, ChIP-Seq, and DNA Methylation studies.
14 vídeos, 1 leitura
- Vídeo: Module 4 Overview (1:21)
- Vídeo: Gene Set Enrichment (4:19)
- Vídeo: More Enrichment (3:59)
- Vídeo: Gene Set Analysis in R (7:43)
- Vídeo: The Process for RNA-seq (3:59)
- Vídeo: The Process for Chip-Seq (5:25)
- Vídeo: The Process for DNA Methylation (5:03)
- Vídeo: The Process for GWAS/WGS (6:12)
- Vídeo: Combining Data Types (eQTL) (6:04)
- Vídeo: eQTL in R (10:36)
- Vídeo: Researcher Degrees of Freedom (5:49)
- Vídeo: Inference vs. Prediction (8:52)
- Vídeo: Knowing When to Get Help (2:31)
- Vídeo: Statistics for Genomic Data Science Wrap-Up (1:53)
- 阅读: Post Course Survey
Nota atribuída: Module 4 Quiz
Perguntas frequentes
Como funciona
课程作业
每门课程都像是一本互动的教科书，具有预先录制的视频、测验和项目。
来自同学的帮助
与其他成千上万的学生相联系，对想法进行辩论，讨论课程材料，并寻求帮助来掌握概念。
证书
获得正式认证的作业，并与朋友、同事和雇主分享您的成功。
Desenvolvedores
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Enjoyed it. One of better courses I have taken in Coursera. A good introduction to using statistics in Bioconductor with genomics data.