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Resultados de carreira do aprendiz

43%

comecei uma nova carreira após concluir estes cursos

33%

consegui um benefício significativo de carreira com este curso
Certificados compartilháveis
Tenha o certificado após a conclusão
100% on-line
Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.
Prazos flexíveis
Redefinir os prazos de acordo com sua programação.
Aprox. 12 horas para completar
Inglês

Habilidades que você terá

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

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oferecido por

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Universidade Johns Hopkins

Programa - O que você aprenderá com este curso

Classificação do conteúdoThumbs Up97%(3,300 classificações)Info
Semana
1

Semana 1

4 horas para concluir

DNA sequencing, strings and matching

4 horas para concluir
19 vídeos (Total 112 mín.), 7 leituras, 2 testes
19 videos
Lecture: Why study this?4min
Lecture: DNA sequencing past and present3min
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5min
Lecture: String definitions and Python examples3min
Practical: String basics 7min
Practical: Manipulating DNA strings 7min
Practical: Downloading and parsing a genome 6min
Lecture: How DNA gets copied3min
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7min
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6min
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4min
Practical: Working with sequencing reads 11min
Practical: Analyzing reads by position 6min
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5min
Lecture: Read alignment and why it's hard3min
Lecture: Naive exact matching10min
Practical: Matching artificial reads 6min
Practical: Matching real reads 7min
7 leituras
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10min
Pre Course Survey10min
Syllabus10min
Setting up Python (and Jupyter)10min
Getting slides and notebooks10min
Using data files with Python programs10min
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10min
2 exercícios práticos
Module 130min
Programming Homework 130min
Semana
2

Semana 2

3 horas para concluir

Preprocessing, indexing and approximate matching

3 horas para concluir
15 vídeos (Total 114 mín.), 1 leitura, 2 testes
15 videos
Lecture: Boyer-Moore basics8min
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6min
Lecture: Diversion: Repetitive elements5min
Practical: Implementing Boyer-Moore 10min
Lecture: Preprocessing7min
Lecture: Indexing and the k-mer index10min
Lecture: Ordered structures for indexing8min
Lecture: Hash tables for indexing7min
Practical: Implementing a k-mer index 7min
Lecture: Variations on k-mer indexes9min
Lecture: Genome indexes used in research9min
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6min
Lecture: Pigeonhole principle6min
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9min
1 leituras
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10min
2 exercícios práticos
Module 230min
Programming Homework 230min
Semana
3

Semana 3

3 horas para concluir

Edit distance, assembly, overlaps

3 horas para concluir
13 vídeos (Total 92 mín.), 1 leitura, 2 testes
13 videos
Lecture: Solving the edit distance problem12min
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12min
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6min
Lecture: A new solution to approximate matching9min
Lecture: Meet the family: global and local alignment10min
Practical: Implementing global alignment 8min
Lecture: Read alignment in the field4min
Lecture: Assembly: working from scratch2min
Lecture: First and second laws of assembly8min
Lecture: Overlap graphs8min
Practical: Overlaps between pairs of reads 4min
Practical: Finding and representing all overlaps 3min
1 leituras
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10min
2 exercícios práticos
Module 330min
Programming Homework 330min
Semana
4

Semana 4

3 horas para concluir

Algorithms for assembly

3 horas para concluir
13 vídeos (Total 83 mín.), 1 leitura, 2 testes
13 videos
Lecture: The shortest common superstring problem8min
Practical: Implementing shortest common superstring 4min
Lecture: Greedy shortest common superstring7min
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7min
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5min
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8min
Practical: Building a De Bruijn graph 4min
Lecture: When Eulerian walks go wrong9min
Lecture: Assemblers in practice8min
Lecture: The future is long?9min
Lecture: Computer science and life science5min
Lecture: Thank yous 43s
1 leituras
Post Course Survey10min
2 exercícios práticos
Programming Homework 430min
Module 430min

Avaliações

Principais avaliações do ALGORITMOS APLICADO AO SEQUENCIAMENTO DE DNA

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Perguntas Frequentes – FAQ

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