Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica
Biocondutor para ciência de dados genômicos
oferecido por
Informações sobre o curso
13,750 visualizações recentes
Learner Career Outcomes
Habilidades que você terá
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
Programa - O que você aprenderá com este curso
Semana
13 horas para concluir
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
16 vídeos (Total 126 mín.), 3 leituras, 1 teste
16 videos
Installing R on A Mac 2min
Installing R Studio on a Mac 1min
What is Bioconductor7min
Installing Bioconductor3min
The Bioconductor Website9min
Useful Online Resources5min
R Base Types18min
GRanges - Overview4min
IRanges - Basic Usage12min
GenomicRanges - GRanges8min
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8min
GenomicRanges - seqinfo6min
AnnotationHub8min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112min
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213min
3 leituras
Welcome10min
Syllabus10min
Pre Course Survey10min
1 exercício prático
Quiz 120min
Semana
22 horas para concluir
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
8 vídeos (Total 81 mín.), 1 teste
8 videos
Biostrings7min
BSgenome6min
Biostrings - Matching6min
BSgenome - Views9min
GenomicRanges - Rle12min
GenomicRanges - Lists6min
GenomicFeatures18min
rtracklayer - Data Import14min
1 exercício prático
Quiz 220min
Semana
32 horas para concluir
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
9 vídeos (Total 79 mín.), 1 teste
9 videos
Basic Data Types4min
Annotation Overview4min
ExpressionSet Overview4min
ExpressionSet9min
SummarizedExperiment7min
GEOquery6min
biomaRt13min
R S4 Classes16min
R S4 Methods10min
1 exercício prático
Quiz 320min
Semana
42 horas para concluir
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
7 vídeos (Total 81 mín.), 1 leitura, 1 teste
7 videos
Short Read4min
Rsamtools12min
oligo14min
limma16min
minfi11min
Count-based RNA-seq analysis15min
1 leituras
Post Course Survey10min
1 exercício prático
Quiz 420min
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Before you can run, you must learn to walk.\n\nKasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
Instrutores
Kasper Daniel Hansen, PhD
Assistant Professor, Biostatistics and Genetic MedicineBloomberg School of Public Health
Sobre Universidade Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Sobre Programa de cursos integrados Análise de Dados GenômicosAnálise Genômica
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Qual é a política de reembolso?
Existe algum auxílio financeiro disponível?
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.