Informações sobre o curso
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100% online

Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.

Prazos flexíveis

Redefinir os prazos de acordo com sua programação.

Nível intermediário

None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Aprox. 11 horas para completar

Sugerido: 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

Inglês

Legendas: Inglês

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Nível intermediário

None required but you should be familiar with basic aspects of plant and molecular biology. Bioinformatic Methods I and II would be good preparation

Aprox. 11 horas para completar

Sugerido: 6 weeks of hands-on study, plus 2 evaluation weeks. The hands-on modules will take 2-4 hours of time...

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Programa - O que você aprenderá com este curso

Semana
1
3 horas para concluir

Plant Genomic Databases, and useful sites for info about proteins

In this module we'll be exploring several plant databases including Ensembl Plants, Gramene, PLAZA, SUBA, TAIR and Araport. The information in these databases allows us to easily identify functional regions within gene products, view subcellular localization, find homologs in other species, and even explore pre-computed gene trees to see if our gene of interest has undergone a gene duplication event in another species, all at the click of a mouse!

...
4 vídeos ((Total 44 mín.)), 4 leituras, 1 teste
4 videos
Summary1min
4 leituras
Acknowledgements10min
Course Logistics10min
Mini-lecture Notes10min
Lab 1 -- Plant Genomic Databases and Tools for Exploring Protein Information1h 30min
1 exercício prático
Lab Quiz 1
Semana
2
2 horas para concluir

Expression Analysis

Vast databases of gene expression and nifty visualization tools allow us to explore where and when a gene is expressed. Often this information can be used to help guide a search for a phenotype if we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. We explore several tools for Arabidopsis data (eFP Browser, Genevestigator, TraVA DB, Araport) along with NCBI's Genome Data Viewer for RNA-seq data for other plant species. We also examine the MPSS database of small RNAs and degradation products to see if our example gene has any potential microRNA targets.

...
4 vídeos ((Total 38 mín.)), 2 leituras, 1 teste
4 videos
Summary50s
2 leituras
Mini-lecture Notes10min
Lab 2 -- Expression Analysis1h 30min
1 exercício prático
Lab Quiz 2
Semana
3
2 horas para concluir

Coexpression Tools

Being able to group genes by similar patterns of expression across expression data sets using algorithms like WGCNA is a very useful way of organizing the data. Clusters of genes with similar patterns of expression can then be subject to Gene Ontology term enrichment analysis (see Module 5) or examined to see if they are part of the same pathway. What's even more powerful is being able to identify genes with similar patterns of expression without doing a single expression profiling experiment, by mining gene expression databases! There are several tools that allow you to do this in many plant species simply by entering a query gene identifier. The genes that are returned are often in the same biological process as the query gene, and thus this "guilt-by-association" paradigm is a excellent tool for hypothesis generation.

...
4 vídeos ((Total 29 mín.)), 2 leituras, 1 teste
4 videos
Summary49s
2 leituras
Mini-lecture Notes10min
Lab 3 -- Coexpression Tools1h 30min
1 exercício prático
Lab Quiz 3
Semana
4

Sectional Quiz 1

...
1 teste
1 exercício prático
Sectional Quiz 1
4.8
8 avaliaçõesChevron Right

Principais avaliações do Plant Bioinformatics

por QRMar 10th 2019

Very good course for mastering bioinformatics skills. Genetics and molecular biology students/professionals should take this course to augment their research skills.

por WHFeb 12th 2019

Great overview of the different tools available for plant bio

Instrutores

Avatar

Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

Sobre Universidade de Toronto

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

Perguntas Frequentes – FAQ

  • Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.

  • Quando você adquire o Certificado, ganha acesso a todo o material do curso, incluindo avaliações com nota atribuída. Após concluir o curso, seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.

Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.