Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Bioinformática

4.2
estrelas
85 classificações

Pavel Pevzner +1 mais instrutores

13.426 já se inscreveram

oferecido por

Programa de cursos integrados BioinformáticaUniversidade da Califórnia, San Diego

Informações sobre o curso

3.141 visualizações recentes

How do we infer which genes orchestrate various processes in the cell?  How did humans migrate out of Africa and spread around the world? In this class, we will see that these two seemingly different questions can be addressed using similar algorithmic and machine learning techniques arising from the general problem of dividing data points into distinct clusters.
In the first half of the course, we will introduce algorithms for clustering a group of objects into a collection of clusters based on their similarity, a classic problem in data science, and see how these algorithms can be applied to gene expression data.

In the second half of the course, we will introduce another classic tool in data science called principal components analysis that can be used to preprocess multidimensional data before clustering in an effort to greatly reduce the number dimensions without losing much of the "signal" in the data.

Finally, you will learn how to apply popular bioinformatics software tools to solve a real problem in clustering.

Prazos flexíveis

Redefinir os prazos de acordo com sua programação.

Certificados compartilháveis

Tenha o certificado após a conclusão

100% on-line

Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.

Curso 5 de 7 no

Programa de cursos integrados Bioinformática

Nível iniciante

Aprox. 10 horas para completar

Inglês

Legendas: Árabe, Francês, Portuguese (European), Italiano, Vietnamita, Alemão, Russo, Inglês, Espanhol

Prazos flexíveis

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Curso 5 de 7 no

Programa de cursos integrados Bioinformática

Nível iniciante

Aprox. 10 horas para completar

Inglês

Legendas: Árabe, Francês, Portuguese (European), Italiano, Vietnamita, Alemão, Russo, Inglês, Espanhol

Instrutores

Pavel Pevzner

Professor

Department of Computer Science and Engineering

647.158 aprendizes

14 Cursos

Phillip Compeau

Visiting Researcher

Department of Computer Science & Engineering

208.596 aprendizes

8 Cursos

oferecido por

Universidade da Califórnia, San Diego

UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory.

Programa - O que você aprenderá com este curso

Semana

Semana 1

5 horas para concluir

Week 1: Introduction to Clustering Algorithms

Welcome to class!At the beginning of the class, we will see how algorithms for clustering a set of data points will help us determine how yeast became such good wine-makers. At the bottom of this email is the Bioinformatics Cartoon for this chapter, courtesy of <a href="http://bearandfox.com" target="_blank" title="Link: http://bearandfox.com">Randall Christopher</a> and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. How did the monkey lose a wine-drinking contest to a tiny mammal?  Why have Pavel and Phillip become cavemen? And will flipping a coin help them escape their eternal boredom until they can return to the present? Start learning to find out!<img width="550" alt="" src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg" title="Image: http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg">

5 horas para concluir

5 vídeos (Total 33 mín.), 2 leituras, 3 testes

Semana

Semana 2

4 horas para concluir

Week 2: Advanced Clustering Techniques

Welcome to week 2 of class!

This week, we will see how we can move from a "hard" assignment of points to clusters toward a "soft" assignment that allows the boundaries of the clusters to blend. We will also see how to adapt the Lloyd algorithm that we encountered in the first week in order to produce an algorithm for soft clustering. We will also see another clustering algorithm called "hierarchical clustering" that groups objects into larger and larger clusters.

4 horas para concluir

5 vídeos (Total 35 mín.), 1 leitura, 3 testes

Semana

Semana 3

1 hora para concluir

Week 3: Introductory Algorithms in Population Genetics

1 hora para concluir

2 leituras

Avaliações

4.2

21 avaliações

5 stars
52,94%
4 stars
28,23%
3 stars
10,58%
2 stars
3,52%
1 star
4,70%

Principais avaliações do CIÊNCIA E CLUSTERING DE DADOS GENÔMICOS (BIOINFORMÁTICA V)

por DD23 de out de 2019

Truly awesome. What I liked best was that this course didn't have a peer reviewed final challenge, so I didn't have to wait months until my work was graded :)

por ZX20 de jul de 2019

In depth and comprehensive coverage of the topics in genetic data analysis.

por MK10 de nov de 2018

Absolutely fantastic course. Kudos to the course creators.

por JM21 de mar de 2020

Really enjoyed the clustering chapters and the practical exercises with the yeast dataset

Visualizar todas as avaliações

Sobre Programa de cursos integrados Bioinformática

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time!

How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!

Perguntas Frequentes – FAQ

Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
O acesso a palestras e tarefas depende do tipo de inscrição. Se você participar de um curso como ouvinte, você poderá ver quase todo o conteúdo do curso gratuitamente. Para acessar tarefas valendo nota e obter um Certificado, você precisará adquirir a experiência do Certificado, durante ou após a participação como ouvinte. Se você não vir a opção de participar como ouvinte:
o curso pode não oferecer essa opção. Você pode experimentar um teste gratuito ou solicitar o auxílio financeiro.
Em vez disso, o curso pode oferecer 'Curso completo, sem Certificado'. Com esta opção, é possível ver todo o conteúdo do curso, enviar as avaliações necessárias e obter uma nota final. Isso também significa que você não poderá comprar uma experiência de Certificado.
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Existe algum auxílio financeiro disponível?
Sim. Em programas de aprendizado selecionados, você pode solicitar auxílio financeiro ou uma bolsa de estudos caso não consiga pagar a taxa de inscrição. Se o auxílio financeiro ou bolsa de estudos estiver disponível para a seleção do seu programa de aprendizado, você encontrará um link para se inscrever na página de descrição.

Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao estudante.

Ciência e clustering de dados genômicos (bioinformática V)

Informações sobre o curso