How do we infer which genes orchestrate various processes in the cell? How did humans migrate out of Africa and spread around the world? In this class, we will see that these two seemingly different questions can be addressed using similar algorithmic and machine learning techniques arising from the general problem of dividing data points into distinct clusters. In the first half of the course, we will introduce algorithms for clustering a group of objects into a collection of clusters based on their similarity, a classic problem in data science, and see how these algorithms can be applied to gene expression data. In the second half of the course, we will introduce another classic tool in data science called principal components analysis that can be used to preprocess multidimensional data before clustering in an effort to greatly reduce the number dimensions without losing much of the "signal" in the data. Finally, you will learn how to apply popular bioinformatics software tools to solve a real problem in clustering.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Bioinformática
Ciência e clustering de dados genômicos (bioinformática V)
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Programa - O que você aprenderá com este curso
Week 1: Introduction to Clustering Algorithms
<p>Welcome to class!</p><p>At the beginning of the class, we will see how algorithms for <strong>clustering </strong>a set of data points will help us determine how yeast became such good wine-makers. At the bottom of this email is the Bioinformatics Cartoon for this chapter, courtesy of <a href="http://bearandfox.com" target="_blank" title="Link: http://bearandfox.com">Randall Christopher</a> and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. How did the monkey lose a wine-drinking contest to a tiny mammal? Why have Pavel and Phillip become cavemen? And will flipping a coin help them escape their eternal boredom until they can return to the present? Start learning to find out!</p><p><img width="550" alt="" src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg" title="Image: http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/clustering_cropped.jpg"></p>
Week 2: Advanced Clustering Techniques
<p>Welcome to week 2 of class!</p> <p>This week, we will see how we can move from a "hard" assignment of points to clusters toward a "soft" assignment that allows the boundaries of the clusters to blend. We will also see how to adapt the Lloyd algorithm that we encountered in the first week in order to produce an algorithm for soft clustering. We will also see another clustering algorithm called "hierarchical clustering" that groups objects into larger and larger clusters.</p>
Week 3: Introductory Algorithms in Population Genetics
33%
Principais avaliações do Ciência e clustering de dados genômicos (bioinformática V)
the part about EM is the best I know, and first time I understand the EM algorithm.
In depth and comprehensive coverage of the topics in genetic data analysis.
Instrutores
Pavel Pevzner
Professor
Phillip Compeau
Visiting ResearcherSobre Universidade da Califórnia, San Diego
Sobre Programa de cursos integrados Bioinformática
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Qual é a política de reembolso?
Existe algum auxílio financeiro disponível?
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
