An introduction to data integration and statistical methods used in contemporary Systems Biology, Bioinformatics and Systems Pharmacology research. The course covers methods to process raw data from genome-wide mRNA expression studies (microarrays and RNA-seq) including data normalization, differential expression, clustering, enrichment analysis and network construction. The course contains practical tutorials for using tools and setting up pipelines, but it also covers the mathematics behind the methods applied within the tools. The course is mostly appropriate for beginning graduate students and advanced undergraduates majoring in fields such as biology, math, physics, chemistry, computer science, biomedical and electrical engineering. The course should be useful for researchers who encounter large datasets in their own research. The course presents software tools developed by the Ma’ayan Laboratory (http://labs.icahn.mssm.edu/maayanlab/) from the Icahn School of Medicine at Mount Sinai, but also other freely available data analysis and visualization tools. The ultimate aim of the course is to enable participants to utilize the methods presented in this course for analyzing their own data for their own projects. For those participants that do not work in the field, the course introduces the current research challenges faced in the field of computational systems biology.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Biologia de sistemas e biotecnologia
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Programa de cursos integrados Biologia de sistemas e biotecnologiaEscola de Medicina Icahn do Hospital Monte SinaiInformações sobre o curso
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Escola de Medicina Icahn do Hospital Monte Sinai
The Icahn School of Medicine at Mount Sinai, in New York City is a leader in medical and scientific training and education, biomedical research and patient care.
Programa - O que você aprenderá com este curso
Course Overview and Introductions
The 'Introduction to Complex Systems' module discusses complex systems and leads to the idea that a cell can be considered a complex system or a complex agent living in a complex environment just like us. The 'Introduction to Biology for Engineers' module provides an introduction to some central topics in cell and molecular biology for those who do not have the background in the field. This is not a comprehensive coverage of cell and molecular biology. The goal is to provide an entry point to motivate those who are interested in this field, coming from other disciplines, to begin studying biology.
Topological and Network Evolution Models
In the 'Topological and Network Evolution Models' module, we provide several lectures about a historical perspective of network analysis in systems biology. The focus is on in-silico network evolution models. These are simple computational models that, based of few rules, can create networks that have a similar topology to the molecular networks observed in biological systems.
Types of Biological Networks
The 'Types of Biological Networks' module is about the various types of networks that are typically constructed and analyzed in systems biology and systems pharmacology. This lecture ends with the idea of functional association networks (FANs). Following this lecture are lectures that discuss how to construct FANs and how to use these networks for analyzing gene lists.
Data Processing and Identifying Differentially Expressed Genes
This set of lectures in the 'Data Processing and Identifying Differentially Expressed Genes' module first discusses data normalization methods, and then several lectures are devoted to explaining the problem of identifying differentially expressed genes with the focus on understanding the inner workings of a new method developed by the Ma'ayan Laboratory called the Characteristic Direction.
Avaliações
Principais avaliações do ANÁLISE INTEGRADA EM BIOLOGIA SISTÊMICA
Various analytical approaches for network analysis are very well explained. Also, have explained the working of different bioinformatics or network-based tools and software.
It was a good review of various tools, but maybe it was to many tools. I think it would be nice to show a smaller number of tools, but make more reproducible showcases
Exciting course. I think some contents should be updated but in general an exhaustive overview.
Excellent course to get deep into the data analysis of system biology experimentation.
Sobre Programa de cursos integrados Biologia de sistemas e biotecnologia
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
O acesso a palestras e tarefas depende do tipo de inscrição. Se você participar de um curso como ouvinte, você poderá ver quase todo o conteúdo do curso gratuitamente. Para acessar tarefas valendo nota e obter um Certificado, você precisará adquirir a experiência do Certificado, durante ou após a participação como ouvinte. Se você não vir a opção de participar como ouvinte:
- o curso pode não oferecer essa opção. Você pode experimentar um teste gratuito ou solicitar o auxílio financeiro.
- Em vez disso, o curso pode oferecer 'Curso completo, sem Certificado'. Com esta opção, é possível ver todo o conteúdo do curso, enviar as avaliações necessárias e obter uma nota final. Isso também significa que você não poderá comprar uma experiência de Certificado.
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Qual é a política de reembolso?
Se você se inscrever, terá 7 dias para testar sem custo e, durante este período, pode cancelar sem multa. Depois disso, não reembolsamos, mas você pode cancelar sua inscrição a qualquer momento. Veja nossa política para o reembolso total.
Existe algum auxílio financeiro disponível?
Sim, a Coursera oferece auxílio financeiro ao aluno que não possa pagar a taxa. Faça a solicitação clicando no link Auxílio Financeiro, abaixo do botão "Inscreva-se" à esquerda. Preencha uma solicitação e será notificado caso seja aprovado. Você terá que completar esta etapa para cada curso na Especialização, incluindo o Trabalho de Conclusão de Curso. Saiba mais .
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
