Hierarchical Clustering using Euclidean Distance

oferecido por
Coursera Project Network
Neste projeto guiado, você irá:

Understand the importance and usage of the hierarchical clustering using skew profiles.

Locate and process the viral cDNA genome files to calculate the skew profiles.

Understand the theory for using the Pythagorean equation to calculate the Euclidean distance. And apply that using python to build a linkage matrix.

Understand how errors occur, how to avoid them, and resolve their sources.

ClockAbout 75 minutes required for the project and 45 for the other materials (reading and assignment).
IntermediateIntermediário
CloudSem necessidade de download
VideoVídeo em tela dividida
Comment DotsInglês
LaptopApenas em desktop

By the end of this project, you will create a Python program using a jupyter interface that analyzes a group of viruses and plot a dendrogram based on similarities among them. The dendrogram that you will create will depend on the cumulative skew profile, which in turn depends on the nucleotide composition. You will use complete genome sequences for many viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Dengue, enterovirus, and West Nile viruses.

Habilidades que você desenvolverá

  • Python Programming
  • Genomics
  • plotting

Aprender passo a passo

Em um vídeo reproduzido em uma tela dividida com a área de trabalho, seu instrutor o orientará sobre esses passos:

  1. Task 1: Getting Started with Hierarchical Clustering

  2. Task 2: Locate and Process The Data Files

  3. Task 3: Understand The Result Dataset

  4. Task 4: Hierarchical Clustering - Metric

  5. Task 5: Hierarchical Clustering - Ordering & Methods

  6. Task 6: Dendrogram Plotting

  7. Task 7: Dendrogram - Analysis

  8. Task 8: Errors to Avoid

Como funcionam os projetos guiados

Sua área de trabalho é um espaço em nuvem, acessado diretamente do navegador, sem necessidade de nenhum download

Em um vídeo de tela dividida, seu instrutor te orientará passo a passo

Perguntas Frequentes – FAQ

Perguntas Frequentes – FAQ

Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao estudante.