Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization.
Este curso faz parte do Programa de cursos integrados Neuroscience and Neuroimaging
oferecido por
Programa de cursos integrados Neuroscience and NeuroimagingUniversidade Johns HopkinsInformações sobre o curso
19,173 visualizações recentes
Resultados de carreira do aprendiz
25%
comecei uma nova carreira após concluir estes cursos
11%
consegui um benefício significativo de carreira com este curso
Certificados compartilháveis
Tenha o certificado após a conclusão
100% on-line
Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.
Curso 4 de 4 no
Prazos flexíveis
Redefinir os prazos de acordo com sua programação.
Nível intermediário
Aprox. 18 horas para completar
Inglês
Legendas: Francês, Português (Brasil), Russo, Inglês, Espanhol
Habilidades que você terá
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
Resultados de carreira do aprendiz
25%
comecei uma nova carreira após concluir estes cursos
11%
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Certificados compartilháveis
Tenha o certificado após a conclusão
100% on-line
Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.
Curso 4 de 4 no
Prazos flexíveis
Redefinir os prazos de acordo com sua programação.
Nível intermediário
Aprox. 18 horas para completar
Inglês
Legendas: Francês, Português (Brasil), Russo, Inglês, Espanhol
oferecido por
Universidade Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Programa - O que você aprenderá com este curso
1 hora para concluir
Introduction
1 hora para concluir
3 vídeos (Total 30 mín.), 1 leitura, 1 teste
1 leituras
Syllabus10min
1 exercício prático
Theme 1 Quiz30min
4 horas para concluir
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
4 horas para concluir
7 vídeos (Total 74 mín.)
7 videos
The NIfTI Format9min
Basic Visualization 19min
Basic Visualization 29min
Basic Data Manipulation9min
Transformations and Smoothing14min
Basic MRI Contrasts9min
6 exercícios práticos
Theme 2 Lecture 1 Quiz30min
Theme 2 Lecture 2 Quiz30min
Theme 2 Lecture 3 Quiz30min
Theme 2 Lecture 4 Quiz30min
Theme 2 Lecture 5 Quiz30min
Theme 2 Lecture 6 Quiz30min
6 horas para concluir
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
6 horas para concluir
9 vídeos (Total 71 mín.)
9 videos
Registration15min
fslr: System Requirements8min
Bias Field Correction Using fslr3min
Brain Extraction using fslr5min
Image Registration Using fslr5min
Installing ANTsR5min
Basic Data Manipulation with ANTsR4min
Pre-Processing with ANTSR7min
9 exercícios práticos
Theme 3 Quiz 130min
Theme 3 Quiz 230min
Theme 3 Quiz 330min
Theme 3 Quiz 430min
Theme 3 Quiz 530min
Theme 3 Quiz 630min
Theme 3 Quiz 730min
Theme 3 Quiz 830min
Theme 3 Quiz 930min
7 horas para concluir
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
7 horas para concluir
11 vídeos (Total 101 mín.), 1 leitura, 10 testes
11 videos
Co-Registration using fslr9min
Co-Registration using ANTsR9min
Wrapper Functions for Processing Pipelines8min
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6min
Rigid Registration to a Template8min
Affine Registration of T1 to Template4min
Nonlinear Registration of T1 to Template6min
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12min
Tissue-Level Segmentation7min
Papayar: Interactively Viewing Images in R22min
1 leituras
Papayar Script10min
10 exercícios práticos
Theme 4 Quiz 130min
Theme 4 Quiz 230min
Theme 4 Quiz 330min
Theme 4 Quiz 430min
Theme 4 Quiz 530min
Theme 4 Quiz 630min
Theme 4 Quiz 730min
Theme 4 Quiz 830min
Theme 4 Quiz 930min
Theme 4 Quiz 1030min
Avaliações
Principais avaliações do INTRODUCTION TO NEUROHACKING IN R
por BR8 de Fev de 2017
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
por SJ7 de Mai de 2019
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
por SG28 de Ago de 2020
The process of downloading packages on the virtual machine was very tiring. The documentation of it could have been provided more nicely. Like I was not aware about the 'sudo...'on LINUX.
por AN17 de Jul de 2017
Perfect! Precise to the subject and provides a lot of hands-on details, which is, unfortunately, something that most other similar courses don't do. Absolutely loved it!
Sobre Programa de cursos integrados Neuroscience and Neuroimaging
This specialization combines the strength of 4 different neuroscience courses into a cohesive learning experience. Taught by Johns Hopkins University, it begins with fundamental neuroscience concepts for neuroimaging. Neuroimaging methods are used with increasing frequency in clinical practice and basic research. Starting with the neuroanatomy of the brain, it then moves into principles of neuroimaging, including experimental design in neuroimaging, functional connectivity MRI, diffusion tensor imaging and spectroscopy imaging.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
O acesso a palestras e tarefas depende do tipo de inscrição. Se você participar de um curso como ouvinte, você poderá ver quase todo o conteúdo do curso gratuitamente. Para acessar tarefas valendo nota e obter um Certificado, você precisará adquirir a experiência do Certificado, durante ou após a participação como ouvinte. Se você não vir a opção de participar como ouvinte:
- o curso pode não oferecer essa opção. Você pode experimentar um teste gratuito ou solicitar o auxílio financeiro.
- Em vez disso, o curso pode oferecer 'Curso completo, sem Certificado'. Com esta opção, é possível ver todo o conteúdo do curso, enviar as avaliações necessárias e obter uma nota final. Isso também significa que você não poderá comprar uma experiência de Certificado.
O que recebo ao me inscrever nesta Especialização?
Quando você se inscreve no curso, tem acesso a todos os cursos na Especialização e pode obter um certificado quando concluir o trabalho. Seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Is financial aid available?
Sim, a Coursera oferece auxílio financeiro ao aluno que não possa pagar a taxa. Faça a solicitação clicando no link Auxílio Financeiro, abaixo do botão "Inscreva-se" à esquerda. Preencha uma solicitação e será notificado caso seja aprovado. Você terá que completar esta etapa para cada curso na Especialização, incluindo o Trabalho de Conclusão de Curso. Saiba mais .
Ganharei créditos universitários por concluir o curso?
Este curso não oferece créditos universitários, mas algumas universidades podem aceitar certificados de cursos que podem ser convertidos em créditos. Entre em contato com sua instituição para saber mais. Com os cursos on-line e os certificados Mastertrack™ do Coursera, é possível ganhar créditos universitários.
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
