Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization.
oferecido por
Introduction to Neurohacking In R
Universidade Johns Hopkins
Informações sobre o curso
13,618 visualizações recentes
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Habilidades que você terá
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
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Prazos flexíveis
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Nível intermediário
Aprox. 9 horas para completar
Inglês
Legendas: Inglês
Programa - O que você aprenderá com este curso
1 hora para concluir
Introduction
1 hora para concluir
3 vídeos (Total 30 mín.), 1 leitura, 1 teste
1 leituras
Syllabus10min
1 exercício prático
Theme 1 Quiz16min
2 horas para concluir
Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
2 horas para concluir
7 vídeos (Total 74 mín.)
7 videos
The NIfTI Format9min
Basic Visualization 19min
Basic Visualization 29min
Basic Data Manipulation9min
Transformations and Smoothing14min
Basic MRI Contrasts9min
6 exercícios práticos
Theme 2 Lecture 1 Quiz10min
Theme 2 Lecture 2 Quiz10min
Theme 2 Lecture 3 Quiz10min
Theme 2 Lecture 4 Quiz10min
Theme 2 Lecture 5 Quiz10min
Theme 2 Lecture 6 Quiz10min
3 horas para concluir
Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
3 horas para concluir
9 vídeos (Total 71 mín.)
9 videos
Registration15min
fslr: System Requirements8min
Bias Field Correction Using fslr3min
Brain Extraction using fslr5min
Image Registration Using fslr5min
Installing ANTsR5min
Basic Data Manipulation with ANTsR4min
Pre-Processing with ANTSR7min
9 exercícios práticos
Theme 3 Quiz 110min
Theme 3 Quiz 210min
Theme 3 Quiz 312min
Theme 3 Quiz 410min
Theme 3 Quiz 510min
Theme 3 Quiz 610min
Theme 3 Quiz 710min
Theme 3 Quiz 810min
Theme 3 Quiz 910min
3 horas para concluir
Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
3 horas para concluir
11 vídeos (Total 101 mín.), 1 leitura, 10 testes
11 videos
Co-Registration using fslr9min
Co-Registration using ANTsR9min
Wrapper Functions for Processing Pipelines8min
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6min
Rigid Registration to a Template8min
Affine Registration of T1 to Template4min
Nonlinear Registration of T1 to Template6min
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12min
Tissue-Level Segmentation7min
Papayar: Interactively Viewing Images in R22min
1 leituras
Papayar Script10min
10 exercícios práticos
Theme 4 Quiz 110min
Theme 4 Quiz 210min
Theme 4 Quiz 36min
Theme 4 Quiz 410min
Theme 4 Quiz 510min
Theme 4 Quiz 610min
Theme 4 Quiz 710min
Theme 4 Quiz 810min
Theme 4 Quiz 910min
Theme 4 Quiz 1010min
Avaliações
Principais avaliações do INTRODUCTION TO NEUROHACKING IN R
por BRFeb 8, 2017
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
por SJMay 7, 2019
Thank you for the wonderful course. Especially useful when the team explains every new line of code. As a current undergraduate and aspiring neuroscience researcher, this is tremendously helpful.
por ANJul 17, 2017
Perfect! Precise to the subject and provides a lot of hands-on details, which is, unfortunately, something that most other similar courses don't do. Absolutely loved it!
por HEDec 16, 2019
A very useful and informative course. An organized, well prepared, and focused course. Thanks to the fabulous team. I learned a lot of stuff related to neuroimaging.
por JSJan 18, 2017
It would have been better if there were practical exercises, nevertheless it was very comprehensive for basic procedures of fMRI analysis.
por SAAug 19, 2019
it would be great if can create a specialization for this course going in more depth like making your own dti films etc.
por MTApr 4, 2018
Great concise walk-through of neuro-imaging techniques. Low quality audio and a lot of background noise though.
por ASAug 25, 2017
I am really appreciate this course. Its good to have a structured course on these complex topics.
oferecido por
Universidade Johns Hopkins
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.
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Existe algum auxílio financeiro disponível?
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