Neurohacking describes how to use the R programming language (https://cran.r-project.org/) and its associated package to perform manipulation, processing, and analysis of neuroimaging data. We focus on publicly-available structural magnetic resonance imaging (MRI). We discuss concepts such as inhomogeneity correction, image registration, and image visualization.
By the end of this course, you will be able to:
Read/write images of the brain in the NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) format
Visualize and explore these images
Perform inhomogeneity correction, brain extraction, and image registration (within a subject and to a template).
Introduction to Neurohacking In R
oferecido por
Johns Hopkins University
Informações sobre o curso
4.6
141 classificações
Habilidades que você terá
Image ProcessingBrainR ProgrammingNeurology
Programa - O que você aprenderá com este curso
Semana
1Introduction
3 vídeos (total de (Total 30 mín.) min), 1 leitura, 1 teste
1 leituras
Syllabus10min
1 exercícios práticos
Theme 1 Quiz16min
Semana
2Neuroimaging: Formats and Visualization
In this section, we will discuss different formats that brain images come in, as well as some of the commonly done magnetic resonance imaging (MRI) scans.
7 vídeos (total de (Total 74 mín.) min), 6 testes
7 videos
The NIfTI Format9min
Basic Visualization 19min
Basic Visualization 29min
Basic Data Manipulation9min
Transformations and Smoothing14min
Basic MRI Contrasts9min
6 exercícios práticos
Theme 2 Lecture 1 Quiz10min
Theme 2 Lecture 2 Quiz10min
Theme 2 Lecture 3 Quiz10min
Theme 2 Lecture 4 Quiz10min
Theme 2 Lecture 5 Quiz10min
Theme 2 Lecture 6 Quiz10min
Semana
3Image Processing
In this section, we will discuss the steps done to process brain MRI data. We will discuss inhomogeneity correction, brain extraction or skull stripping, and various image registration techniques.
9 vídeos (total de (Total 71 mín.) min), 9 testes
9 videos
Registration15min
fslr: System Requirements8min
Bias Field Correction Using fslr3min
Brain Extraction using fslr5min
Image Registration Using fslr5min
Installing ANTsR5min
Basic Data Manipulation with ANTsR4min
Pre-Processing with ANTSR7min
9 exercícios práticos
Theme 3 Quiz 110min
Theme 3 Quiz 210min
Theme 3 Quiz 312min
Theme 3 Quiz 410min
Theme 3 Quiz 510min
Theme 3 Quiz 610min
Theme 3 Quiz 710min
Theme 3 Quiz 810min
Theme 3 Quiz 910min
Semana
4Extended Image Processing
In this section, we will discuss the different types of registration and how one would go through processing a multi-sequence MRI scan, as well as wrapper functions that make the process much easier. We also cover interactive exploration of brain image data and tissue-level (white/gray matter and cerebrospinal fluid (CSF)) segmentation from a T1-weighted image.
11 vídeos (total de (Total 101 mín.) min), 1 leitura, 10 testes
11 videos
Co-Registration using fslr9min
Co-Registration using ANTsR9min
Wrapper Functions for Processing Pipelines8min
Across-Visit Co-Registration of T1 Images6min
Rigid Registration to a Template8min
Affine Registration of T1 to Template4min
Nonlinear Registration of T1 to Template6min
Getting ROI Anatomic Information from Non-Linear Registration12min
Tissue-Level Segmentation7min
Papayar: Interactively Viewing Images in R22min
1 leituras
Papayar Script10min
10 exercícios práticos
Theme 4 Quiz 110min
Theme 4 Quiz 210min
Theme 4 Quiz 36min
Theme 4 Quiz 410min
Theme 4 Quiz 510min
Theme 4 Quiz 610min
Theme 4 Quiz 710min
Theme 4 Quiz 810min
Theme 4 Quiz 910min
Theme 4 Quiz 1010min
Melhores avaliações
por BR•Feb 9th 2017
I like that this course goes through most necessary steps, my only suggest would be to have one additional week where you go through everything all together, and then do some simple group analysis.
por AN•Jul 18th 2017
Perfect! Precise to the subject and provides a lot of hands-on details, which is, unfortunately, something that most other similar courses don't do. Absolutely loved it!
Instrutores
Dr. Elizabeth Sweeney
Rice Academy Postdoctoral FellowBiostatistics
Ciprian M. Crainiceanu
ProfessorBiostatstics
John Muschelli III
Assistant ScientistBiostatistics
Sobre Johns Hopkins University
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.
O que recebo ao adquirir o Certificado?
Quando você adquire o Certificado, ganha acesso a todo o material do curso, incluindo avaliações com nota atribuída. Após concluir o curso, seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Qual é a política de reembolso?
Existe algum auxílio financeiro disponível?
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