Informações sobre o curso
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100% online

Comece imediatamente e aprenda em seu próprio cronograma.

Prazos flexíveis

Redefinir os prazos de acordo com sua programação.

Aprox. 19 horas para completar

Sugerido: 3 weeks of study, 1-3 hours/week...

Inglês

Legendas: Inglês

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Programa - O que você aprenderá com este curso

Semana
1
3 horas para concluir

From sampling to sequencing

10 vídeos (Total 112 mín.), 13 leituras, 2 testes
10 videos
Welcome14min
Introduction to antimicrobial resistance11min
Sampling for surveillance18min
Sampling at farms and slaughterhouses14min
Sample storage2min
Isolation of DNA from complex samples10min
Sample processing for viral metagenomics7min
Sequencing platforms12min
13 leituras
Glossary20min
Get started !5min
Introduction to metagenomics2min
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2min
Introduction to antimicrobial resistance2min
Sampling for surveillance5min
Sampling at farms and slaughterhouses2min
Sample storage2min
Isolation of DNA from complex samples2min
Notes on library preparation5min
Sequencing platforms10min
Assessment case-study - part 15min
Assessment case study - part 22min
2 exercícios práticos
Module 1 assessment - part 18min
Module 1 assessment - part 212min
Semana
2
3 horas para concluir

FROM READS TO RESULTS

6 vídeos (Total 64 mín.), 11 leituras, 1 teste
6 videos
ResFinder database5min
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16min
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14min
11 leituras
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5min
Overview of available metagenomic analysis tools10min
MGmapper10min
MGmapper - Best mode vs Full mode10min
ResFinder database3min
Assessment case-study - part 310min
Samples sheet10min
Report A - FastQC results10min
Report B - MGmapper results10min
Report C - KRAKEN results10min
Report D10min
1 exercício prático
Module 2 assessment24min
Semana
3
8 horas para concluir

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

6 vídeos (Total 81 mín.), 16 leituras, 6 testes
6 videos
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16min
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21min
Farewell3min
16 leituras
Virtual Machine setup1h
Analysis and visualization of read count data10min
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10min
Application of metagenomics in surveillance - methods10min
Potential of metagenomics for surveillance10min
Challenges of metagenomics for surveillance10min
Assessment case-study - part 45min
Report D10min
Epidemiology sheet and Report E10min
Introduction5min
Final quiz - section I - Sampling10min
Final quiz - section II - Quality control30min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10min
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10min
Extra material for final assessment10min
6 exercícios práticos
Module 3 assessment10min
Final quiz - section I - Sampling18min
Final quiz - section II - Quality control30min
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30min
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30min
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30min
4.7
12 avaliaçõesChevron Right

67%

comecei uma nova carreira após concluir estes cursos

60%

consegui um benefício significativo de carreira com este curso

25%

recebi um aumento ou promoção

Principais avaliações do Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance

por MDMay 31st 2019

I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.

Instrutores

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Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
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Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
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Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
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Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

Sobre Universidade Técnica da Dinamarca (DTU)

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

Perguntas Frequentes – FAQ

  • Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.

  • Quando você adquire o Certificado, ganha acesso a todo o material do curso, incluindo avaliações com nota atribuída. Após concluir o curso, seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.

Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.