Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе.
The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
Введение в биоинформатику (Introdução à Bioinformática)
oferecido por
Universidade Estadual de São PetersburgoUniversidade Estadual de São Petersburgo
Programa - O que você aprenderá com este curso
Semana
11 hora para concluir
Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.
8 vídeos (total de (Total 61 mín.) min), 1 teste
8 videos
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3min
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6min
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6min
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13min
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7min
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13min
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3min
1 exercício prático
Тест 1 (Quiz 1)20min
Semana
21 hora para concluir
Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS.
4 vídeos (total de (Total 41 mín.) min), 1 teste
4 videos
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7min
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14min
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9min
1 exercício prático
Тест 2 (Quiz 2)20min
Semana
31 hora para concluir
Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system.
6 vídeos (total de (Total 50 mín.) min), 1 teste
6 videos
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4min
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10min
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9min
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8min
Введение в Linux (Introduction to Linux)13min
1 exercício prático
Тест 3 (Quiz 3)20min
Semana
42 horas para concluir
Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!
7 vídeos (total de (Total 72 mín.) min), 1 teste
7 videos
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15min
Алгоритмы (Algorithms)6min
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9min
Overlap Layout Concensus9min
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8min
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10min
1 exercício prático
Тест 4 (Quiz 4)20min
Instrutores
Alla L Lapidus
Professor, Department of Cytology and HistologyCentre For Algorithmic Biotechnology
Павел Добрынин
Младший научный сотрудникЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Михаил Райко
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Екатерина Черняева
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Sobre Universidade Estadual de São PetersburgoUniversidade Estadual de São Petersburgo
Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России.
В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности.
Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ.
St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University.
Perguntas Frequentes – FAQ
Quando terei acesso às palestras e às tarefas?
Ao se inscrever para um Certificado, você terá acesso a todos os vídeos, testes e tarefas de programação (se aplicável). Tarefas avaliadas pelos colegas apenas podem ser enviadas e avaliadas após o início da sessão. Caso escolha explorar o curso sem adquiri-lo, talvez você não consiga acessar certas tarefas.
O que recebo ao adquirir o Certificado?
Quando você adquire o Certificado, ganha acesso a todo o material do curso, incluindo avaliações com nota atribuída. Após concluir o curso, seu Certificado eletrônico será adicionado à sua página de Participações e você poderá imprimi-lo ou adicioná-lo ao seu perfil no LinkedIn. Se quiser apenas ler e assistir o conteúdo do curso, você poderá frequentá-lo como ouvinte sem custo.
Qual é a política de reembolso?
Existe algum auxílio financeiro disponível?
Mais dúvidas? Visite o Central de Ajuda ao Aprendiz.
O Coursera proporciona acesso universal à melhor educação do mundo fazendo parcerias com as melhores universidades e organizações para oferecer cursos on-line.
© 2019 Coursera Inc. Todos os direitos reservados.
