About this course: Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе. The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
Created by: Saint Petersburg State University
Taught by: Alla L Lapidus, Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Taught by: Николай Вяххи
Taught by: Павел Добрынин, Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Taught by: Михаил Райко, Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Taught by: Екатерина Черняева, Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
| Level | Beginner |
| Language | Russian |
| How To Pass | Pass all graded assignments to complete the course. |
| User Ratings |
Syllabus
WEEK 1
Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутс...
8 videos
Graded: Тест 1 (Quiz 1)
WEEK 2
Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be d...
4 videos
Graded: Тест 2 (Quiz 2)
WEEK 3
Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необхо...
6 videos
Graded: Тест 3 (Quiz 3)
WEEK 4
Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, использу...
7 videos
Graded: Тест 4 (Quiz 4)
WEEK 5
Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для р...
8 videos
Graded: Тест 5 (Quiz 5)
WEEK 6
Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br>
In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences.
4 videos
Graded: Тест 6 (Quiz 6)
WEEK 7
Геномный проект (Genome Project)
В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacte...
5 items
Graded: Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)
Graded: Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)
Graded: Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)
Graded: Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)
FAQs
How It Works
Coursework
Each course is like an interactive textbook, featuring pre-recorded videos, quizzes and projects.
Help from Your Peers
Connect with thousands of other learners and debate ideas, discuss course material, and get help mastering concepts.
Certificates
Earn official recognition for your work, and share your success with friends, colleagues, and employers.
Creators
Saint Petersburg State University
The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 25 000 students in SPbU studying over 200 programmes.
Ratings and Reviews
I learnt a lot from this course! All lecturers are great and they explain difficult themes very well for the beginners but also offer interesting questions for advanced audience. I enjoyed the deceptive ease of DNA purification (I did it at my work too), comparison of sequencing technologies, and all algorithms and software described. I found all classes very helpful and would like to thank staff for this great, interesting and inspiriting lessons!
Coursera provides universal access to the world’s best education, partnering with top universities and organizations to offer courses online.
© 2017 Coursera Inc. All rights reserved.
ПВ
Превосходный курс. Даёт возможность понять, что делать, "куда идти", какие навыки приобретать, на что обращать внимание и чему учиться.