Е.В.Анисимов является крупным ученым, одним из лучших специалистов по истории Петра Великого и XVIII века в России и в мире, что получило общее признание ученых разных стран. В центре творчества Е.В.Анисимова лежат различные аспекты истории дореволюционной России XVIII века. Признание в научном сообществе и широких читательских кругах получили его монографии и статьи о царствованиях Екатерины I, Анны Иоанновны, Анны Леопольдовны, Елизаветы Петровны. Многие его книги выдержали несколько изданий. Центральное место в научном творчестве Е.В.Анисимова принадлежит теме Петра Великого. Им написаны две крупные монографии, которые стали незаменимы при изучении эпохи петровских реформ. Вообще, проблема реформ в XVIII веке всегда привлекала внимание автора. Много лет Е.В.Анисимов углубленно изучает историю политической элиты времен Петра, стремясь проследить судьбы русского дворянства на массиве служебных биографий.